செயல்பாட்டு MRI என்பது, தொடர்புடைய தூண்டுதலுக்கு ஆளாகும்போது, புறணிப் பகுதியில் ஏற்படும் நரம்பியல் செயல்பாட்டின் அதிகரிப்பிற்கு பதிலளிக்கும் விதமாக மூளையில் இரத்த ஓட்டம் அதிகரிப்பதை அடிப்படையாகக் கொண்டது. மூளையின் செயல்பாட்டை வரைபடமாக்குவது, தூண்டுதலுக்கு (மோட்டார், உணர்வு மற்றும் பிற தூண்டுதல்கள்) பதிலளிக்கும் விதமாக எழும் நரம்பியல் செயல்படுத்தலின் பகுதிகளை அடையாளம் காண அனுமதிக்கிறது.